运动神经元病的病因至今不明。5％的病例可能与遗传及基因缺陷有关，另外有部分环境因素，如重金属铝中毒等，这些都可能造成运动神经元疾病。早期运动神经元疾病，以手脚无力或反射增强为主，常被误认为是颈椎神经受压迫而接受颈椎手术，等到开完刀后，情况没有进步，持续恶化，才确定诊断为运动神经元疾病。有些患者的症状以吞咽、呼吸困难为主，也被误诊为食道或神经质的问题。