三叉神经痛的原因尚不清楚，目前比较常见的原因是患者自身血管和神经相互影响，颅内血管和神经走形有交叉，刺激神经，进而引起疼痛。其次发现三叉神经系统的所属部位或邻近部位的各种病灶均可引起三叉神经痛。像是颅内和颅底肿瘤、脑膜瘤、颅内感染引起的增生等。