跑完步后腰两侧会疼，可能是剧烈运动、腰椎间盘突出、肾脏结石等原因引起的。

1、剧烈运动：比较常见的是跑步过快导致腰部的肌肉劳损，或者跑步之前没有做好拉伸，从而导致腰部肌肉出现酸痛感。通常患者经过休息，遵医嘱口服布洛芬缓释胶囊、塞来昔布等药物后，症状能够得到缓解。

2、腰椎间盘突出：腰椎间盘突出主要是由于椎间盘病变导致，主要症状为腰疼、下肢放射性疼痛、大小便障碍等，患者跑步后可诱发以上症状加重。建议腰椎间盘突出轻症患者避免剧烈运动，避免久站、久坐、负重。严重者则需尽早手术。

3、肾脏结石：如果患者肾脏存在结石，在跑步以后肾结石向下排泄，引起的输尿管堵塞性疼痛，若此时患者的腰部疼痛非常剧烈，应该立即做肾脏、膀胱B超，如果患者符合手术要求，可尽早手术，减轻痛苦。

除以上相对常见的原因外，还有其他的可能性疾病，比如腰椎滑脱。建议患者出现这种症状后，及时去医院就诊，查明病因后，予以针对性治疗。