药物治疗主要是抑制卵巢功能，减少内异症发展，减轻疼痛症状，并不能达到根治。药物有多种，没有统一标准，主要看副作用多少和个人情况，和承受能力，目前药物，主要分为非甾体类抗炎药（NSAID）、口服避孕药、高效孕激素、雄激素衍生物以及促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）五大类。如果疼痛明显，药物不能缓解，或盆腔黏连严重，不孕，有生育要求，可以选择手术治疗。