一般来说，口腔溃疡在综合性医院应就诊于口腔科，在口腔专科医院应就诊于口腔黏膜科。口腔黏膜科除了可以诊治口腔溃疡外，还可以诊治扁平苔藓、白斑、红斑、黏膜下纤维化、盘状红斑狼疮等疾病。临床上很多内科疾病（白血病、贫血，血小板减少性紫癜）、感染性疾病（结核、梅毒、艾滋病）、皮肤病（天疱疮、类天疱疮、多形红斑、扁平苔藓）也是在就诊于口腔黏膜科偶然发现而得到治疗的。