两侧脑窝疼的原因主要考虑与血管性头疼有关。血管性头疼是功能性头痛，主要表现为两侧的太阳穴处疼痛，有的患者还会表现出恶心、呕吐、睡眠质量差等现象，主要与平时过于劳累或者心理压力过大、不良的生活习惯等因素有关。如果女性患者平时过多服用避孕药，可引起内分泌紊乱，也会出现心慌、头疼等症状。