根管治疗后头疼可能是因为自身出现了神经性疼痛，可能和根管治疗期间自身的神经受到了刺激有关系。也有可能是因为自身出现了急性根尖周炎诱发了头部的疼痛。患者可以通过消炎止痛的药物服用，也可以通过解热镇痛类的药物服用，服用以后可以起到止痛的功效。在头痛期间增加睡眠时间，避免过度劳累。