三个月婴儿摇头可能是由于头部有瘙痒感，使宝宝有不舒服的感觉，就会有摇头的现象，如果宝宝体内缺乏维生素D也会导致宝宝神经的兴奋，从而就会经常有夜醒以及摇头的现象，应该及时给宝宝补充维生素D，否则很容易患有佝偻症。如果宝宝频繁有摇头的现象，可能是由于患有先天性脑病，就需要及时到医院进行检查，再进行治疗。