脑栓通胶囊的主要副作用如下：1、该药物当中有活血化瘀的中药，比如地龙等，如果是长期口服，可能就会增加出血性风险，也会引起肠道出血或者是胃黏膜出血严重者，会导致脑出血等。2、这种药物性寒凉，里面有乳香，长期使用可能也会引起恶心、呕吐，也会出现消化不良等各种胃肠道反应。