磁共振是不可以排除脑炎的。在出现脑炎的情况时，一般需要通过腰椎穿刺提取脑脊液的方式来检测，这样才可以确诊患者是否有脑炎。而核磁共振检查主要是通过对中枢神经系统外观检查的方式来明确脑部情况，一般是检查不出来脑炎的。另外在患有脑炎的情况时，需要积极的配合医生来治疗。