睡一觉起来太阳穴疼有可能是由于身体内分泌代谢紊乱所造成的，也有可能是由于遗传因素所引起的。最好到当地医院的神经科进行一个细致性的检查，根据检查结果进行针对性的治疗，另外在晚上睡觉的时候不要吃的太多，尽量放松心情，避免焦虑过度紧张的情绪。