三叉神经痛的病因主要是由邻近小动脉的搏动刺激三叉神经表面的疼痛神经纤维引起的。这种类型的三叉神经痛称为原发性三叉神经痛。因为仅仅来自脑干的三叉神经的这一部分还没有形成保护它的神经鞘，并且容易受到附近脑干中的小动脉搏动的干扰和刺激。每次这些小动脉搏动，都会对三叉神经表面的疼痛神经纤维造成物理刺激，从而引起相应区域的三叉神经疼痛。