引起男性根部刺痛原因有很多，阴茎部位出现感染生殖器疱疹，导致局部皮肤出现病变。也有可能是泌尿生殖系统出现发炎症状导致，主要跟平时性生活频繁或者是不注意卫生有直接关系。到正规医院男科做尿常规检查，以及前列腺彩超，查看检查结果是否有异常表现，根据检查采取正确方式治疗。