复方血栓通胶囊的副作用主要会引起出血，最常见的是皮下出血，鼻腔出血，所以需要观察身体的变化，来明确是否产生副作用。眼睛不舒服，有可能是眼睛炎症，眼睛屈光不正，需要去医院眼科做检查，然后选择合适的药物治疗，眼睛炎症可以使用氧氟沙星滴眼液治疗。