心脏瓣膜修复手术的弊端主要是，修复起来是有一定的难度的，并且远期效果也有一些不确定的因素存在，修复效果不好，还有可能要面临二次手术，比如风湿性心脏病患者，瓣膜损坏比较严重，就有二次手术的可能。如果患者病情不是很严重，建议还是考虑修补术，瓣膜置换术需要长期使用抗凝药。