通常会使身体产生明显的抗药性，从而出现免疫系统低下或者是抵抗力不足。长期服用抗生素会对人体正常的菌群造成破坏，尤其是肠道的益生菌会引起肠道菌群紊乱，从而导致腹泻或者是长期的便秘。长期服用还会出现毒性反应，如果是服用的链霉素或者是氯霉素会抑制骨髓的造血功能，同时还会对听力造成轻微的损伤。