骨髓移植存在有一定的失败率，在骨髓移植前需要进行清髓处理，所用的化疗药物可能会引起肝肾、心脏等器官功能损害，在骨髓移植成功后也可能会出现排斥反应、移植物抗宿主病和病情复发等，与个体情况不同有很大关系，治疗过程中可能会出现出血、感染等并发症。但是骨髓移植仍然是白血病治疗的重要手段。