脑干腔隙性脑血栓一般不是很严重，这要看具体的位置来定，脑干腔隙性脑血栓是因为糖尿病动脉粥样硬化和高血压所引起的，要是出现腔隙性脑梗塞，得不到重视，可能会出现脑梗死，如果在早期能够得到治疗，通过合适的治疗，可以在两周左右完全康复，要是患者有高血糖，高血脂，高血压要积极控制。