经颅磁治疗是比较安全的，治疗后不良反应非常小，经颅磁刺激是需要磁场产生生物电，然后使生物电流作用于大脑皮层，由于电流比较微弱，所以不会对大脑组织产生严重的不适感和刺激性。部分患者可能会出现头晕，头疼的现象，但是发生率非常低，不会超过2%，不会导致更严重的后果。