脑囊虫病的确诊方法应根据流行病学的证据，临床表现及相关血，脑脊液等检查来诊断，但完全确诊是脑囊虫病，只有通过脑组织活检才能够明确诊断。但是一般临床上很少常规进行脑组织活检。所以可以通过其他的资料基本上明确诊断，比如有流行病学证据，有绦虫史或者食用生猪肉史。