两个最主要的区别就是枕骨大孔疝的病人会发生意识障碍的程度往往比较晚。绝大部分的病人会先出现明显的循环和呼吸功能紊乱，会在出现呼吸骤停以及血压进行性下降等情况之后才会发生。小脑幕切迹疝的病人出现意识障碍程度较早，会再出现同侧瞳孔散大。并且有对侧肢体偏瘫等情况发生。