巴曲酶的最大副作用是会出现出血情况，有的会出现刷牙、小便、大便的时候会有出血情况，如果有心血管疾病，可能会导致出现心绞痛，也会引起头晕、头痛的情况。比较常见的是会出现过敏，导致皮肤有红疹，一般停药后情况会慢慢恢复。这种药物建议有出血情况，或凝血功能不好的一定不要使用。