肛门指检后疼痛的时间主要看个人的具体情况而定，如果指检未对肛门处造成明显的损伤，仅仅是疼痛的感觉，疼痛感当天即可消失。而如果指检时导致肛管处形成皮肤裂伤，则疼痛的时间较长，在完全恢复之前都存在疼痛的可能性，特别是有便秘的患者。目前疼痛感明显的话，建议卧床休息，可以进行温水坐浴，必要时可以服用相关的止疼药物。