一般不会有明显的疼痛感。结膜囊肿手术前连续三天的时间，需要在医嘱下应用抗菌素的眼药水，进入眼睛中预防感染，还要用生理盐水冲洗结膜囊以及泪道，做手术的时候大多会采取表面麻醉的方法，因此患者不会感觉到疼痛，但个别对麻醉没有效果的会有疼痛感，一般是可以忍受的。术后患者要在医嘱下服用抗炎的药物预防细菌感染。