对于肛门直肠脓肿，最为直接有效的治疗措施就是手术切开引流。如果肛门直肠脓肿治疗不及时，脓肿破溃就会形成肛瘘，一旦形成了肛瘘，往往出现长期都不能恢复的现象。在进行手术治疗的同时，还需要进行抗感染的治疗，主要是通过口服或静脉输液的途径给予抗菌药物治疗。不过，在决定手术之前要充分检查，明确诊断。