肠血栓手术费用在2000~5000元之间。由于每个城市的消费水平不一样，而且医院规模不同，并且手术方法和用药不同，价格也不相同。如果是有权威的三甲医院定价可能在5000元左右，而县级医院的定价可能在2000元左右。建议根据自己的消费水平来选择医院进行手术治疗。