MRI有许多优点，但它与CT是截然不同的成像方法，所形成的图像截然不同。MRI可多方位成像、对人体无伤害，对软组织有较好的分辨力，有多种的成像方法，不仅图像反映人体的解剖结构，还可以提供生理、病理、生化信息，被认为分子水平上的成像等许多优点，但是在氢质子缺乏或含量很少的组织，如致密的骨骼、钙化、含气的肺部等，皆无法成像。