腘窝囊肿手术属于择期手术，所以暂时不做手术也是可以的，特别是对于单纯的存在腘窝囊肿，体积较小，无明显不适症状者，可以不用手术。但是若腘窝囊肿体积较大，且腘窝处存在典型的疼痛不适感，则可以给予腘窝囊肿穿刺抽吸，药物注射，加压包扎治疗等。因为腘窝囊肿与膝关节相通，其形成多与膝关节内病变有关系，所以还需要治疗膝关节内病变。