骶管囊肿手术是一种较为安全和有效的治疗方法，但是如果医生经验不足，特别是手术方法选择不当或者术中处理不当，也有一定的手术风险和后遗症。较为严重的手术风险和后遗症主要表现为神经功能障碍进行性加重，特别是下肢无力，严重者甚至双下肢瘫痪，大小便功能障碍乃至大小便失禁，性功能障碍；还有囊肿复发，伤口脑脊液漏，伤口感染，慢性窦道形成等一系列并发症。