口腔囊肿不治疗的后果主要与原发疾病有关。囊肿较小的情况下不治疗一般没有明显的不良影响，囊肿比较大的情况下不进行治疗就会使囊肿引起的一些症状持续存在，如疼痛、异物感，如果继发感染则会引起口腔内明显的异常气味。个别情况下有可能出现囊肿自行破溃的现象。对于比较大的囊肿，最好还是及时进行手术治疗。