透明隔囊肿一般是不会消失的。透明隔囊肿是发生在脑部的一种先天性的畸形。主要是因为透明隔的液体循环受阻，使脑脊液的分泌和吸收平衡被打破了。导致患者脑积液逐步增多，通常这种透明隔囊肿只能通过手术才能够去除。症状的轻重与大小有关。小的没有什么症状，大的容易引发脑积水、癫痫等症状。