一般不会特别疼。在进行根尖囊肿手术之前，通常需要配合医生进行局部麻醉，有助于缓解疼痛。另外手术之后也要配合医生口服抗生素的药物，比如甲硝唑或者替硝唑，有利于减轻感染，对于伤口恢复有好处。治疗期间避免辛辣的食物，以免加重疼痛，同时也要定期做复查，有助于了解恢复状况。