腘窝囊肿单纯的服用药物治疗是不能消除的。对于体积较小的腘窝囊肿，无明显不适症状者，不需要进行治疗。而对于腘窝囊肿体积较大、影响膝关节活动者，需要进行手术治疗。因为腘窝囊肿的发生多余膝关节内相关的病变有关系，比如膝关节炎，所以治疗上需要同时治疗。目前膝关节有疼痛感，也可能是膝关节内病变引起的，与腘窝囊肿无关，所以建议进一步检查。