扁桃体结石的治疗只能进行手术，可进行钳取、剔除等，如有必要可进行扁桃体、结石一起切除治疗，药物治疗只能起到辅助作用，扁桃体结石可与慢性炎症刺激、食物残渣残留等原因有关，因此建议平时注意口腔清洁卫生，饭后漱口，忌辛辣刺激性食物。