扁桃体疼痛与拔出智齿关系不大，多为细菌或者病毒感染引起，特别是在机体的免疫力下降时，更容易导致细菌或病毒感染。但是也不排除在拔出智齿的过程中，导致扁桃体出现一定的损伤。所以可以自己观察一下，看扁桃体是否存在破损处。可以做血常规检查，明确具体的病因，然后进行对因治疗，比如使用相关消炎药、抗病毒药物治疗等。