两者都是严重的，脓肿主要是由于脖子部位出现细菌感染，尤其是化脓性感染，那么引起脓肿，一般位于表面，需要立即进行脓液切开引流排出，再给予抗生素抗感染的治疗，而囊肿是由本身的天性囊性病变组织比较多见导致，而不是被病菌感染才出现的。囊肿不仅会出现在器官、组织的外层，还会生长在器官的内部。囊肿一般不大，可以暂不处理，良性可能性大。但是增大明显，有恶变可能。还是需要进行手术切除才可以治愈。