两种药物的区别是比较大的，因为药效不同，治疗疾病的范围也是不一样的。阿托品一般用于缓解内脏绞痛，通常用于治疗胃肠痉挛所造成的胆绞痛和肾绞痛啊，还可用于治疗窦性心动过缓和房室传导阻滞。长托宁用于麻醉前给药以抑制唾液腺和气道腺体分泌，使用药物前必须先询问医生。