莫西沙星的副作用，可能是引起皮肤的过敏症状，出现皮肤瘙痒和起皮疹的表现；也可能是对胃肠道的功能产生影响，使患者出现恶心、食欲不振的症状；还有可能影响到中枢神经系统，使患者出现头疼、头昏、睡眠不好的表现。极个别的患者，可能会出现对血糖代谢的影响和心脏传导系统的影响。