扁桃体结石的病因比较多，首先考虑与年龄有关，成人的扁桃体与儿童相比要更大，表面也不平，坑洼的地方容易出现食物的积聚，久而久之形成结石；与扁桃体处的细菌性感染有关系，感染更容易导致食物残渣变硬，进而形成结石；与服用某些药物有一定的关系，特别是有些药物可造成口腔粘膜变干，食物的碎屑等积聚后，不容易被唾液冲走，久而久之形成扁桃体结石。