怀孕后40天可以到医院做药物流产或者人工流产，需要先检查孕囊的大小，然后决定流产的方式。如果停经的时间在49天内，做药物流产比较安全，成功率也比较高，但是药物流产可能会出现残留物。如果害怕疼痛也可以安排无痛人流手术，手术之后抽时间到医院做全面的复查，这段时间内不要盲目安排性生活。