和男朋友同房的第三天，服用了药流的药物，并不会有妊娠囊排出。当然，既然已经服用了药流的药物，就有可能因为药物的影响而出现出血的症状，出血的症状一般发生在服用最后一天的药物后。但是，在同房后的第三天，并没有形成孕囊，所以是不会有妊娠囊流出的。