巧克力囊肿手术以后，继续注射六针以后，停止后是否复发是不确定的。但是注射六针是控制月经到来，避免复发的可能。建议继续观察一下，如果来月经以后没有痛经症状，就说明不复发了，如果有症状，就说明还有复发的可能。因为巧克力囊肿手术以后复发率很高。也可以在医生的知道监护下，服用米非司酮六个月左右观察。