卵巢巧克力囊肿是否严重主要和囊肿大小以及病程有很大关系。如果囊肿比较小，并且没有任何不适的情况下，那可以无需治疗。但是如果症状明显，可以在医生指导下服用药物治疗。如果保守治疗的效果不明显，那可以采取手术治疗，可以根据实际情况来选择治疗方式。