巧克力囊肿是会复发的。想要避免巧克力囊肿复发，一定要注意个人的卫生习惯，一定要注意贴身的衣物，及时的清洁和消毒，特别是在月经期间，个人的卫生相当重要。在月经期间，女性的阴部特别容易受到细菌的侵入，这样就会导致炎症的发生，导致巧克力囊肿的复发。巧克力囊肿，除了会让女性在月经期间非常痛苦以外，还会引起不孕，而且会伤害身体里面的组织，所以还注意定期复查。