多囊卵巢综合症的患者服用黄体酮胶囊治疗时的危害主要就是黄体酮胶囊本身所产生的一些副作用。可能会出现水肿，恶心，呕吐，头疼，肝功能异常，情绪波动，乳房胀痛等。另外，单纯的依赖黄体酮来调理多囊卵巢综合症引起的月经不调效果也不是很理想，患者应当遵医嘱进行系统的药物治疗。