怀孕40天是可以进行药物流产的，药物流产是可以终止四十九天以内的怀孕。但是药物流产之前最好去医院行彩超检查确定是宫内怀孕，排除一些药物禁忌症才可以实行药物流产，药物流产之后需要复查，如果流产不净还需要清宫术。如果不想要孩子，最好做好避孕措施，不要进行流产手术对身体会造成一定的伤害。