巧克力囊肿一般情况下自愈的可能性很小。巧克力囊肿属于子宫内膜异位到卵巢部位，属于良性的病变。囊肿比较小的患者可以服用药物来缓解症状。囊肿比较大的，只能通过手术的方法来进行治疗。巧克力囊肿想要自愈，应该尽早的备孕怀孕，怀孕以后由于出现生理性的闭经，囊肿会自然萎缩变小甚至消失。