月经总是不干净是可以做艾灸的。月经总不爱干净也属于月经不调，如果持续时间过长需要在医生指导下进行艾灸。月经总不干净是由体激素水平降低还有子宫内膜炎等原因引起的。艾灸的主要功能是温阳益气、散寒止痛、补虚固本、化瘀散结。治疗期间也尽量不要吃凉的东西刺激身体。