巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症的一种类型，主要是因为子宫内膜在卵巢的部位异位而形成囊肿，需要采取手术治疗，一般在剥离囊肿的过程中就有可能会伤及到卵巢，所以在这个阶段对于卵巢是有一定影响的，如果囊肿比较小，相对来说影响也比较小，但是囊肿如果比较大，必要时也有可能会切除卵巢。