B超诊断巧克力囊肿，一般都是因为囊肿内部的回声，有点状强回声，这常常就是子宫内膜组织的回声。B超检查结果已经这样提示了，那就要根据具体检查到的大小或者是否是双侧病变等来做治疗的决定的。目前不孕的情况也要检查精液常规，检查女性内分泌的情况，排卵的情况以及输卵管的通畅程度等来做最后治疗的决定。